兩廳院業於2004年3月1日脫離原來的公務體系行政機關組織型態，改制為行政法人，改制後的兩廳院仍維持原來「國立中正文化中心」之名稱。
在行政法人組織型態下，本中心設董事長一人，由行政院院長就董事人選聘任之，綜理董事會業務。除董事長外，另有董事十四人、監察人三人，由監督機關(教育部)報請行政院院長聘任之。董事會負責兩廳院工作方針核定、營運計劃與營運目標審議、經費籌募、年度預算核定與決算審議、自有不動產處分或其設定負擔審議、重要規章審議或核定，以及藝術總監任免等事項。
此外，本中心置藝術總監一人，由董事長提請董事會通過後任免之，受董事會之督導，對內綜理兩廳院的業務，對外則代表本中心。藝術總監的職掌，係負責本中心年度計劃核定、年度預算擬訂與決算報告提出、所屬人員任免、業務執行與監督，以及其他業務計畫核定等事項。
2005年8月1日，原國家音樂廳交響樂團納併成為本中心附設樂團，正式正名為「國家交響樂團」，為本中心第一支附設演藝團隊。
董事長
郭為藩
總統府國策顧問
國立臺灣師範大學名譽教授
前教育部部長
前國立臺灣師範大學校長
前文建會主委
董事
曾志朗
行政院政務委員
盛治仁
行政院文化建設委員會主任委員
林聰明
教育部政務次長
劉鳳學
新古典舞團藝術總監
賴聲川
表演工作坊藝術總監
呂麗莉
中國文化大學中國音樂研究所副教授
財團法人國家教育文化政策研究員
魏海敏
魏海敏京劇藝術文教基金會
中華民國國劇協會負責人
申學庸
國立臺灣藝術大學音樂系教授
楊 渡
國家文化總會秘書長
張杏如
信誼基金會執行長
林百里
廣達電腦董事長
辜懷群
辜公亮文教基金會執行長
許勝雄
金仁寶集團董事長
監事
洪玉芬
教育部會計長
簡靜惠
洪建全教育文化基金會董事長
葉潛昭
律師、台北市前議員
國家交響樂團桂冠指揮
根特．赫比希Günther Herbig
德勒斯登愛樂音樂總監 (1972~1977)
柏林交響樂團音樂總監 (1977~1983)
底特律交響樂團音樂總監 (1984~1990)
多倫多交響樂團音樂總監 (1988~1994)
沙爾布魯克廣播交響樂團首席指揮(2001~2006)
藝術總監
黃碧端
副總監
邱大環
國家交響樂團音樂總監
呂紹嘉
國家交響樂團執行長
邱 瑗