兩廳院業於2004年3月1日脫離原來的公務體系行政機關組織型態，改制為行政法人，改制後的兩廳院仍維持原來「國立中正文化中心」之名稱。

在行政法人組織型態下，本中心設董事長一人，由行政院院長就董事人選聘任之，綜理董事會業務。除董事長外，另有董事十四人、監察人三人，由監督機關(教育部)報請行政院院長聘任之。董事會負責兩廳院工作方針核定、營運計劃與營運目標審議、經費籌募、年度預算核定與決算審議、自有不動產處分或其設定負擔審議、重要規章審議或核定，以及藝術總監任免等事項。

此外，本中心置藝術總監一人，由董事長提請董事會通過後任免之，受董事會之督導，對內綜理兩廳院的業務，對外則代表本中心。藝術總監的職掌，係負責本中心年度計劃核定、年度預算擬訂與決算報告提出、所屬人員任免、業務執行與監督，以及其他業務計畫核定等事項。

    2005年8月1日，原國家音樂廳交響樂團納併成為本中心附設樂團，正式正名為「國家交響樂團」，為本中心第一支附設演藝團隊。

董事會

董事長             陳郁秀
                         白鷺鷥文教基金會董事長
                         國立台灣師範大學音樂系教授

董事        

盛治仁
行政院文化建設委員會主任委員

林聰明
教育部政務次長

曾志朗
行政院政務委員

吳靜吉
國立政治大學創新與創造力研究中心NCCU創造力講座主持人
國立政治大學名譽教授

劉鳳學
新古典表演藝術基金會董事長暨藝術總監

彭聖錦
文化大學西洋音樂系系主任

李能棋
作家

劉富美
高雄市駁二藝術發展協會常務董事

孫大川
國立政治大學台灣文學研究所副教授

唐美雲
表演藝術家

黃茂雄
東元集團董事長

吳東亮
台新金控董事長

張杏如

財團法人信誼基金會執行長

郝廣才
格林文化發行人

監事會

常務監察人    洪玉芬（教育部會計長）

監察人            簡靜惠（洪建全教育文化基金會董事長）
                         劉坤億（國立台北大學公共行政暨政策學系副教授） 

藝術總監

劉瓊淑
鋼琴家
國立台北教育大學音樂學系教授
國立台北教育大學學生事務長
國立台北教育大學人文藝術學院院長

學歷
國立台灣師範大學音樂系
美國密西根州立大學音樂研究所音樂藝術博士 

國家交響樂團藝術顧問暨首席客座指揮

根特．赫比希

德勒斯登愛樂音樂總監 (1972~1977)
柏林交響樂團音樂總監 (1977~1983)
底特律交響樂團音樂總監 (1984~1990)
多倫多交響樂團音樂總監 (1988~1994)
沙爾布魯克廣播交響樂團首席指揮(2001~2006) 

副總監

謝翠玉 

國家交響樂團執行長

邱  瑗